随着在日本留学学生打工人数的增多，许多纠纷问题也越发引人注目。一旦与所工作的地方发生了问题，首先应找负责人冷静地谈一谈。如果不起作用的话，就要找有关部门申诉处理。
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在打工期间和上下班途中发生意外事故时，外国人与日本人一样，受《劳动者灾害补偿保险法》的保护。如果是工作现场发生事故，要立即与负责人联系，并要求立即接受治疗。如果是途中遇到交通意外事故，切记要请警察出面。工作地的负责人不肯给予治疗和补偿时，一定要请有关机关帮忙调解。
打工时与雇主发生一些不能自主解决的问题时，可以向东京都的劳政事务所和经济局劳政部求助，要求公正处理。其他的道、府、县也有类似的事务机构，可以充分利用。
此外在日本，打工的工资收入按规定要交付税金，税金的金额因工资的多少而异。日本的税金主要分为国税和地方税，从工资中扣除的税金称之为所得税，它属于国税，一般是由工作单位代为交给税务所。虽然是每月都交纳，但税额却是根据全年总收入而规定的。
因此，每年2月15日-3月15日期间，就开始办理对于税金多少的审核申报手续。这也称之为所得税的“确定申报”.如此一来，多交纳的税额会按标准退还。
